10X 单细胞 VDJ-J9九游会-单细胞免疫组库VDJ

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10X 单细胞 VDJ

scRNA-Seq 揭示T/B细胞的克隆亚型及 CDR3 区多样性

10x Genomics 单细胞转录组测序平台利用微流控和 barcode 标记等技术，捕获近十万个细胞，从而获得大量的免疫组库信息。并通过 T 细胞和 B 细胞抗原受体的高度多样性以及细胞基因表达，揭示免疫反应的真正复杂性，可以加速对适应性免疫反应的新认识。
通量高、成本低、周期短。

应用方向

免疫方向研究
免疫肿瘤学
发育生物学

J9九游会优势

多个驻地实验室，提供更方便的实验预约
上门、寄送全方位服务模式，拥有极致周期
从样本制备到个性化分析，为您提供全方位的服务

信息分析

单细胞VDJ的分析核心是探索TCR 和BCR 克隆型的多样性，J9九游会单细胞使用10x官方分析软件Cell Ranger对T/B细胞进行克隆型研究，从而鉴定克隆多样性。

送样建议

样本类型	新鲜组织、新鲜悬液或者速冻组织
细胞大小	5~30 μm
建议细胞活性	>80%，（尽量去除细胞团 / 碎片 / 杂质等）
细胞浓度	700~1200 cell/μL
细胞总量	建议30 万，最低尝试量 10 万细胞

常见问题

1. 为什么选择单细胞测序技术？
- 同一类型细胞中可能存在很多不同表型及基因型的细胞，单细胞扩增技术通过在单个细胞水平上对基因组进行测序，为科学家研究解析单个细胞的行为、机制、与机体的关系等提供了新方向，广泛应用于：生殖细胞、胚胎干细胞、神经细胞、肿瘤细胞、免疫细胞等热点研究领域。
2. 10X VDJ 目前可以做什么物种？
- 人和鼠的 TCR 或者 BCR。
3. 对于单细胞的样本要求？
- 细胞数量与浓度：建议5×105个，浓度为1000个/uL；
  细胞活性：大于80%，建议风险建库数量为105 ；
  细胞尺径：5 um ≤ X ≤ 30um。
4. 细胞捕获数？基因检出数？
- 细胞捕获数与样本活性与细胞浓度密切相关。一般建议5000细胞，更多的细胞可以少量提升基因检出数。基因检出数与样本状态有关，不同的类型样本，基因检出数也可存在数倍的差异。
5. 细胞数达不到106是否可以做10X Genomics 单细胞转录组？
- 可以做，但是有风险。cell counter 计数最佳细胞浓度在5×105~1×106细胞左右，如果细胞数过低，很有可能会存在计数不准确的情况，我们就无法较准确得到细胞浓度从而进行上样，这会影响后续实际细胞检出数目；另外，实验前需要清洗细胞2次，每次损失至少25%，而且细胞计数2次也会损失一定细胞，太少量无法进行操作。
6. 细胞活性达不到80%是否可以做10X Genomics 单细胞转录组？
- 细胞活性过低时，细胞内的 RNA 可能会发生降解，从而得到的数据无法准确反映每个细胞样品内转录本的表达情况，影响基因检出。因此如果老师细胞数目及细胞情况实在无法满足要求，需要事先了解风险。
7. 线粒体基因过滤情况和多细胞去除方法？
- 线粒体基因比例高，通常意味着细胞活性低，这种情况下需要进行线粒体基因过滤。并不是所有项目都会进行线粒体基因过滤，视样本情况而定。大多占比大于20%或30% 的时候会进行这一步骤，有的会高达50%才进行。
- 在细胞捕获量大或细胞成团的时候，多细胞比例会升高，这时需要进行多细胞去除。目前10X 官方没有多细胞去除的标准。我们的标准是对于 UMI 的数量进行一个上限的设定。

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