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表观组测序

CUT&Tag—DNA-蛋白质相互作用研究技术

  • CUT&Tag技术是一种研究蛋白质-DNA互作的新方法。该技术使用磁珠吸附活细胞,洋地黄皂苷打开细胞膜的通透性;pA-Tn5转座酶在抗体引导下精确结合靶蛋白附近的DNA序列,由于Tn5连有测序接头,可以直接在片段化的 DNA 两端添加接头,最终通过PCR扩增获得完整的文库。
  • CUT&Tag建库原理图(DOI: 10.1038/s41467-019-09982-5)

应用方向

1、DNA组蛋白修饰研究(组蛋白甲基化、乙酰化及新组蛋白修饰:乳酸化、磷酸化等);
2、DNA-转录因子互作研究(探究转录因子结合位点的分布规律、转录因子之间的合作规则;基因转录调控的具体机制);
3、增强子/超级增强子分析(鉴定超级增强子、结合转录组测序结果确定所调控的靶基因);
4、组学验证手段(通过其他组学找到潜在结合的转录因子或是组蛋白修饰后进行验证);

J9九游会优势

  • 1.低起始量建库

    微量建库研发,可低至1000个细胞起始;
  • 2. 低活性建库

    细胞活性低至40%可稳定出库
  • 3. 新鲜样本

    针对于新鲜样本的CUT&Tag研究,推出针对短途、中途、长途不同距离的运输方案,以保证样本到达实验室的活性。
  • 4. 分析内容丰富

    除CUT&Tag标准分析内容外,J9九游会还可提供CUT&Tag&转录组关联分析、增强子/超级增强子分析等多项高级分析内容。
  • 5. 项目经验丰富

    J9九游会CUT&Tag累计项目一抗30+,包含人、小鼠、小麦、拟南芥、银杏等多类型物种。对于珍贵样本、冻存后低活性样本、植物难提核样本分别进行针对性优化,建立了多套实验流程,助力客户在Signal Transduction and Targeted Therapy、Nature Cell Biology、Nucleic Acids Research等多个权威杂志发表高水平文章。
  • 6. 周期快、质量好、稳定性高

    J9九游会基于全面的物种实验库以及优质的测序平台,实现快速、稳定的测序数据分析及交付。
    • <10

      样本量
    • 40天

      周期
    • NovaSeq

      测序平台

信息分析

J9九游会CUT&Tag测序项目,通过对获得的高质量reads,进行Peak calling及motif分析,高效预测相关基因, 进行功能富集分析、预测特异蛋白的功能,组蛋白染色体结合图谱以及DNA的表观修饰。
分析内容 解决问题
测序数据质量评估 过滤掉低质量数据,保证数据质量
参考序列比对分析 唯一比对的 reads 分布统计
peak calling 定位组蛋白修饰/转录因子结合位点
peak注释 鉴定目标组蛋白修饰/转录因子潜在调控的靶基因
差异 peak 分析 分析DNA-蛋白互作在不同处理条件下的差异
相关基因功能分析 Peak/差异 peak 相关基因 GO、KEGG 富集分析
motif 分析 目的转录因子结合的Motif序列
(转录因子对应的已知Motif & 转录因子对应的新的Motif)

关联分析

CUT&Tag与RNA-seq关联分析

1. 整体层面的关联

1.1 整体信号分布展示

1.2 不同表达?平基因的CUT&Tag 信号分布展示

1.3 所有基因的CUT&Tag 信号热图

1.4 所有基因启动子区域CUT&Tag信号与基因表达量关联密度散点图

2.差异表达基因对应表观信号分布

2.1 差异表达基因的CUT&Tag 信号

2.2 差异表达基因的RNA-seq和CUT&Tag 信号热图

2.3 差异表达基因上的CUT&Tag 信号累计分布图

3.差异峰区域相关的基因表达变化情况

3.1 CUT&Tag 信号变化与表达变化的热图

3.2 差异峰相关基因的FPKM累计分布图

4. 差异峰区域与差异表达基因的关联
4.1 CUT&Tag 和RNA-seq的四象限图
4.2 差异峰基因和差异表达基因的韦恩图
4.3 GO富集分析
4.4 KEGG富集分析

送样建议

样本类型 样本状态 送样建议
细胞样本 冻存 每份≥40万,冻存前活性>90%,建议送备份
新鲜 每份≥20万,冻存前活性>80%,建议送备份
动物组织 新鲜/冻存 常见组织≥40 mg
心、肾、神经等组织≥50mg
植物组织 新鲜/冻存 幼嫩组织叶片≥0.3g
种子、根等组织0.5~1g
注:抗体浓度需≥0.2μg/μl,若低于0.2μg/μl,需进行抗体评估。
  • 一抗建议:

      请选择ChIP级别的一抗,提供未稀释的一抗原液。送样前请联系销售提供一抗的说明书,以方便后续项目进行。具体的送样要求请详询各地区销售技术人员。

常见问题

  • 1.与ChIP-seq相比,CUT&Tag的优势是?

      CUT&Tag起始量更低、数据信噪比更高、周期更快。

      a. 起始量更低:chip需要千万级别细胞,CUT&Tag仅需十万级别甚至可低至60个细胞建库;

      b. 数据信噪比更高:CUT&Tag无需超声打断等操作,属于原位捕获的技术,数据信噪比更高;

      c. 周期更快:CUT&Tag采用高活性的自带部分接头的转座酶,无需超声处理等,大大简化了操作流程,节省了实验时间。

  • 2. CUT&Tag对于一抗应该如何选择?

      优先选用ChIP/ChIP-seq级别的候选抗体;ChIP级别抗体>非ChIP级别抗体;文献验证过的抗体>非文献验证过的抗体;

      ChIP级别抗体对抗体纯度、特异性结合的要求都比较高,是完成CUT&Tag实验的首选抗体。如果没有找到目的基因的ChIP-seq级别的抗体,通过ChIP和IP验证的抗体也可以使用,但是尽量不要使用没有标注ChIP应用的抗体,或者标注未检测的抗体,否则实验效果可能不太理想。

拓展材料

  • 收藏好文

    全新上线|CUT&Tag与转录组关联分析
  • 线上课程

    「相约每周二」J9九游会技术训练营——DNA 与蛋白互作产品指南

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