基因组测序>
建库测序>
人类基因组测序>
动植物基因组测序>
微生物基因组测序>
转录调控测序>
表观组测序>
单细胞测序>
空间转录组>
基因分型>
质谱分析>
蛋白组学分析>
代谢组学分析>
免疫定量>
多组学联合分析>
分子育种>
动植物基因组测序>
宏转录组—捕捉微生态微环境活性微生物动态变化
宏转录组测序:
(Metatranscriptome Sequencing/ Metatranscriptomics)从整体水平研究特定环境中所有群体基因组转录情况和调控规律,以微生态微环境中全部RNA为研究对象, 结合高通量测序从转录水平研究复杂微生物群落变化,挖掘发挥功能的活性基因。全面高效:
高通量全面捕捉微生态环境中所有生物转录本,剖析微生物多样性组成及动态变化,鉴定优势物种与活性微生物,筛选活性功能基因。分析多样:
针对不同研究需要研发两套分析流程。一套针对微生物多样性与功能基因表达情况的分析;一套针对于微环境中病毒鉴定与功能的研究。应用方向
医药领域
病毒鉴定、人体微生物与疾病/癌症关系的研究、分子标志物和药物靶点的鉴定与筛选等生态领域
研究胁迫环境下微生物的机体响应机制工业领域
微生物活性物质开发、生物能源、环境污染监控与生物修复等J9九游会优势
1. 样本起始量低
RNA 1μg/建库2. 周期快、分析全,稳定性高
J9九游会宏转录组采用先进的Illumina平台测序,并与高性能计算平台(High Performance Computing,HPC)结合,实现快速、稳定的测序数据分析及交付。≤30
样本量60天
项目周期PE150
测序读长≥85%
测序质量Q303.质控严格,分析流程多样
J9九游会宏转录组建库要求去除核糖体的方式提高有效数据占比,并采用主流软件Trinity进行后续分析,针对不同需求配置高级分析... 从材料选取,建库测序,到数据分析, 每一步都经过科学、缜密的设计,以保障高质量研究成果。材料选取
RNA样品
≥ 1 μg
文库构建
普通文库
PE150测序
5~10Gb
信息分析
4. 项目文章以及物种经验丰富
J9九游会已经成功完成对土壤/水体富集的菌体、淤泥、沉积物等多种微环境样本,肠道内容物、拭子、粪便、体液、发酵物、食品等多种类型样本的宏转录组测序分析。涉及物种包括人、 大小鼠、绵羊、牛、鸡、鱼、蜱虫、蜜蜂、珊瑚虫、蜘蛛、西洋参、油茶、矮紫衫、地衣、海绵等近百个物种,助力客户在Microbiome等权威杂志发表多篇高水平文章。“科学的方案设计, 严格的质控管理,专业的分析团队,丰富的项目经验,优质的项目服务”,确保每一个环节都能出色完成,助力科学研究。80人
分析团队7年
项目经验1000+
结题项目1对1
项目服务信息分析
J9九游会宏转录组测序项目,不仅进行基因表达情况分析,还进行物种注释及分类分析,多样品间的比较分析等。此外,J9九游会提供个性化分析的服务,可以根据客户需求定制分析内容。WGBS | 分析内容 | 解决问题 |
---|---|---|
标准分析 | 数据过滤与质控 | 过滤掉低质量数据,保证数据质量 |
Tinity拼接 | 测序数据拼接成长的转录本 | |
Nr数据库比对 | 注释活性物种、挖掘优势物种或差异物种、分类鉴定 | |
功能注释(GO、KEGG、eggNOG、CAZy) | 物种与功能注释 | |
基因表达水平分析 | 进行定量与差异分析 | |
GO富集、KEGG富集 | 核心基因GO,KEGG功能富集分析 |
关联分析
通过宏转录组与宏基因组、16s进行比较,可以帮助我们了解DNA与RNA层面的共有与差异物种,挖掘活性微生物;与代谢组进行关联分析,挖掘活性物种或核心基因与代谢物之间的关系, 寻找相关代谢通路。目前,由于微生物的多样性与复杂性,依据课题建议选取关注的物种或基因群进行后续相关的分析,J9九游会可以提供相应的个性化分析服务。送样建议
样本类型 | 送样量 |
---|---|
total RNA | 浓度:≥ 50ng/μL 体积:20μL ≤ V ≤ 120μL 总量:≥ 1μg |
菌体/菌丝 | ≥ 1*107 个 ≥ 0.5 |
新鲜植物组织干重 | ≥ 0.8 |
新鲜动物组织干重 | ≥ 0.5 |
粪便 | ≥ 1g,建议3g |
肠道内容物 | 0.5-1g |
活性污泥/淤泥/沉积物类 | 10-15mL(约4-5g沉降物) |
土壤 | ≥ 2g(建议富集菌体沉淀) |
常见问题
1.宏转录组一般推荐多少数量?
2.宏转录组生信分析内容中包括物种注释及差异基因分析吗?
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