J9九游会
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基因组测序>
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建库测序>
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人类基因组测序>
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动植物基因组测序>
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微生物基因组测序>
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转录调控测序>
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表观组测序>
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单细胞测序>
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空间转录组>
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基因分型>
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质谱分析>
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蛋白组学分析>
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代谢组学分析>
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免疫定量>
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多组学联合分析>
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分子育种>
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基因合成>
宏转录组—捕捉微生态微环境活性微生物动态变化
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宏转录组测序：
（Metatranscriptome Sequencing/ Metatranscriptomics）从整体水平研究特定环境中所有群体基因组转录情况和调控规律，以微生态微环境中全部RNA为研究对象， 结合高通量测序从转录水平研究复杂微生物群落变化，挖掘发挥功能的活性基因。 -
全面高效：
高通量全面捕捉微生态环境中所有生物转录本，剖析微生物多样性组成及动态变化，鉴定优势物种与活性微生物，筛选活性功能基因。 -
分析多样：
针对不同研究需要研发两套分析流程。一套针对微生物多样性与功能基因表达情况的分析；一套针对于微环境中病毒鉴定与功能的研究。
应用方向
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医药领域
病毒鉴定、人体微生物与疾病/癌症关系的研究、分子标志物和药物靶点的鉴定与筛选等 -
生态领域
研究胁迫环境下微生物的机体响应机制 -
工业领域
微生物活性物质开发、生物能源、环境污染监控与生物修复等
J9九游会优势
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1. 样本起始量低
RNA 1μg/建库 -
2. 周期快、分析全，稳定性高
J9九游会宏转录组采用先进的Illumina平台测序，并与高性能计算平台（High Performance Computing，HPC）结合，实现快速、稳定的测序数据分析及交付。≤30
样本量60天
项目周期PE150
测序读长≥85%
测序质量Q30
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3.质控严格，分析流程多样
J9九游会宏转录组建库要求去除核糖体的方式提高有效数据占比，并采用主流软件Trinity进行后续分析，针对不同需求配置高级分析... 从材料选取，建库测序，到数据分析， 每一步都经过科学、缜密的设计，以保障高质量研究成果。材料选取
RNA样品
≥ 1 μg
文库构建
普通文库
PE150测序
5~10Gb
信息分析
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4. 项目文章以及物种经验丰富
J9九游会已经成功完成对土壤/水体富集的菌体、淤泥、沉积物等多种微环境样本，肠道内容物、拭子、粪便、体液、发酵物、食品等多种类型样本的宏转录组测序分析。涉及物种包括人、 大小鼠、绵羊、牛、鸡、鱼、蜱虫、蜜蜂、珊瑚虫、蜘蛛、西洋参、油茶、矮紫衫、地衣、海绵等近百个物种，助力客户在Microbiome等权威杂志发表多篇高水平文章。“科学的方案设计， 严格的质控管理，专业的分析团队，丰富的项目经验，优质的项目服务”，确保每一个环节都能出色完成，助力科学研究。80人
分析团队7年
项目经验1000+
结题项目1对1
项目服务
信息分析
J9九游会宏转录组测序项目，不仅进行基因表达情况分析，还进行物种注释及分类分析，多样品间的比较分析等。此外，J9九游会提供个性化分析的服务，可以根据客户需求定制分析内容。| WGBS | 分析内容 | 解决问题 |
|---|---|---|
| 标准分析 | 数据过滤与质控 | 过滤掉低质量数据，保证数据质量 |
| Tinity拼接 | 测序数据拼接成长的转录本 | |
| Nr数据库比对 | 注释活性物种、挖掘优势物种或差异物种、分类鉴定 | |
| 功能注释（GO、KEGG、eggNOG、CAZy） | 物种与功能注释 | |
| 基因表达水平分析 | 进行定量与差异分析 | |
| GO富集、KEGG富集 | 核心基因GO，KEGG功能富集分析 |
关联分析
通过宏转录组与宏基因组、16s进行比较，可以帮助我们了解DNA与RNA层面的共有与差异物种，挖掘活性微生物；与代谢组进行关联分析，挖掘活性物种或核心基因与代谢物之间的关系， 寻找相关代谢通路。目前，由于微生物的多样性与复杂性，依据课题建议选取关注的物种或基因群进行后续相关的分析，J9九游会可以提供相应的个性化分析服务。
送样建议
| 样本类型 | 送样量 |
|---|---|
| total RNA | 浓度：≥ 50ng/μL 体积：20μL ≤ V ≤ 120μL 总量：≥ 1μg |
| 菌体/菌丝 | ≥ 1*107 个 ≥ 0.5 |
| 新鲜植物组织干重 | ≥ 0.8 |
| 新鲜动物组织干重 | ≥ 0.5 |
| 粪便 | ≥ 1g，建议3g |
| 肠道内容物 | 0.5-1g |
| 活性污泥/淤泥/沉积物类 | 10-15mL（约4-5g沉降物） |
| 土壤 | ≥ 2g（建议富集菌体沉淀) |
常见问题
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1.宏转录组一般推荐多少数量?
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粪便或肠道内容物，推荐5G数据量；
环境类样本比如土壤、水体，推荐10G数据量；
组织类等宿主占比较高的样本，推荐至少10G数据量。
建议根据研究目的来选择数据量。
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粪便或肠道内容物，推荐5G数据量；
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2.宏转录组生信分析内容中包括物种注释及差异基因分析吗？
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包括。在我们的标准分析流程中，包括物种注释及差异基因的分析内容，以及物种与基因两个维度的功能注释。同时，根据不同的分析需求，J9九游会还推出针对于病毒的宏病毒组
分析内容，包括已知病毒的鉴定和分析。另外，针对不同研究方向，J9九游会也提供个性化分析的服务。
J9九游会拥有专业的设计方案、严格的质控管理，专业的分析团队，丰富的项目经验，优质的项目服务，确保每一个环节都能出色完成，助力您的科学研究。
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包括。在我们的标准分析流程中，包括物种注释及差异基因的分析内容，以及物种与基因两个维度的功能注释。同时，根据不同的分析需求，J9九游会还推出针对于病毒的宏病毒组
分析内容，包括已知病毒的鉴定和分析。另外，针对不同研究方向，J9九游会也提供个性化分析的服务。
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