J9九游会
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基因组测序>
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建库测序>
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人类基因组测序>
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动植物基因组测序>
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微生物基因组测序>
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转录调控测序>
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表观组测序>
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单细胞测序>
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空间转录组>
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基因分型>
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质谱分析>
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蛋白组学分析>
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代谢组学分析>
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免疫定量>
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多组学联合分析>
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分子育种>
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基因合成>
医学转录组—剖析人和小鼠的mRNA信息
医学转录组测序采用Illumina测序平台，针对特定物种人和小鼠的组织或细胞在某个特定状态下转录的所有mRNA进行测序，与参考基因组比对，既可全面快速地获得mRNA序列和表达丰度信息，又可进行融合基因、可变剪切等结构分析。应用方向
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肿瘤发生发展
寻找研究对象重要性状或表型，如用于癌症检测或预后 biomarker 的发现 疾病致病机理
疾病研究-寻找到研究对象重要的生物标志物(biomarker)差异表达
寻找不同处理导致差异性状或表型相关联的主要功能基因，例如不同药物治疗引起的基因表达模式变化生长发育
寻找研究对象时序性变化的主控因素，例如小鼠胚胎发育过程、患者持续给药治疗等
J9九游会优势
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1. 样本起始量低
RNA 0.4 μg/建库 -
2. 周期快、质量好，稳定性高
J9九游会医学转录组测序基于先进的测序平台，系统全面的分析组织或细胞在特定条件下转录所得所有mRNA信息，深度挖掘转录本结构信息，助力医学研究。≤30
样本量18天
项目周期PE150
测序读长≥85%
测序质量Q30
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3.方案设计专业，质控严格
J9九游会医学转录组测序严格要求测序数据质量：Q20＞90％，Q30＞85％。从材料选取，建库测序，到数据分析， 每一步都经过科学、缜密的设计，以保障高质量研究成果。同时J9九游会高性能计算平台（High Performance Computing，HPC）采用DELL计算节点和Isilon存储的高效组合，实现快速稳定的测序数据分析及交付。随着公司业务的发展， 高性能计算平台将会持续更新并扩容，以保证高效的数据处理和安全的数据存储。材料选取
RNA样品
≥ 400ng
文库构建
PE150测序
6~12Gb
信息分析
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4. 项目经验丰富
至2021年12月，J9九游会已与协和医学院、安贞医院、北京天坛医院等遍布全国范围的多家医院建立了良好的合作关系，进行了深入合作，已在Cell Stem Cell 、Nature Structural & Molecular Biology、Genome Research、Nature Communications等权威期刊发表多篇高水平文章。80人
分析团队10年
项目经验20000+
结题项目1对1
项目服务
信息分析
J9九游会医学转录组测序项目信息分析，经过严格数据质控保证数据分析可靠性，信息分析分为表达水平分析和结构水平分析。表达水平分析包括基因表达量分析、相关性分析、差异基因及其富集分析、GSEA分析、WGCNA分析等，结构水平包括可变剪切分析、变异位点分析、融合基因分析等。同时新增高级医学转录组测序，应用转录组数据对肿瘤样本进行免疫相关分析，细化研究免疫微环境的组成，对机体免疫因子机制的探究更具有意义和实用价值。高级分析包含肿瘤纯度与评分、肿瘤微环境和免疫表型评分等。| 有参转录组 | 分析内容 | 解决问题 |
|---|---|---|
| 标准分析 | 测序数据质量评估 | 过滤掉低质量数据，保证数据质量 |
| 与参考基因组比对 | 比对率分析 | |
| 基因表达水平分析 | 分析基本的表达量 | |
| 样本相关性分析 | 分析样本间的相关性大小 | |
| 差异基因分析 | 寻找不同比较组合间的差异基因 | |
| GO/KEGG富集分析 | 差异基因的GO，KEGG富集分析 | |
| DO富集分析 | 差异基因的DO富集分析 | |
| DisGeNET富集分析 | 差异基因的DisGeNET富集分析 | |
| Reactome富集分析 | 差异基因的Reactome富集分析 | |
| 蛋白互作网络分析 | 差异基因蛋白互作网络的分析 | |
| GSEA分析 | 基因集富集分析 | |
| WGCNA基因共表达网络分析 | 分析模块与样本间的相关性，寻找关键模块和hub基因 | |
| 可变剪切分析 | 不同样本间可变剪接事件的差异分析 | |
| SNP/Indel分析 | 分析变异位点 | |
| 融合基因分析 | 进行融合基因的检测与分析 | |
| 高级分析 | 肿瘤纯度与评分 | 计算获得肿瘤纯度与评分 |
| 肿瘤微环境-xcell | 对肿瘤微环境相关细胞的占比评估 | |
| 免疫表型评分 | 评估免疫相关因子 |
送样建议
| 样本类型 | 普通转录组/真核链特转录组 |
|---|---|
| 新鲜植物组织干重 | 叶片、花 ≥ 0.3g； 根、茎、种子等其他组织 ≥ 0.5g |
| 新鲜动物组织干重 | 内脏组织、脑组织 ≥ 0.08g； 脂肪、皮肤、骨头、血管等其他组织 ≥ 0.3 |
| 新鲜培养细胞 | >≥5*106个 |
| 新采集的全血(加入 TRIzol) | >≥5mL |
| 新采集的全血 (液氮速冻) | >≥2mL |
| PAXgene 采血管 | ≥1 管 |
| 石蜡切片 | 厚度在5-10μm,含组织面积大于25mm2的切片12张。 |
常见问题
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1.医学转录组测序中血液样本送样，有哪些注意事项?
- 医学转录组测序的血液样本采血建议使用EDTA抗凝管进行采血，可离心分离出白细胞、单个核细胞进行送样，或全血直接加三倍trizol等方法进行处理，液氮速冻，-80℃保存，干冰运输。
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2.医学转录组测序标准分析和DGE分析的关系是什么？
- 医学转录组测序的标准分析和DGE分析主要的差别在于分析内容上，标准分析除了差异基因富集分析外，还可以进行基因结构分析。而DGE就是数字基因表达谱，一般只分析差异基因，不进行基因结构分析。
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3.医学转录组测序的肿瘤样本准备时需要注意哪些事项？
- 由于肿瘤样本活性较高，RNA在常温条件下短时间内会几乎全部降解，不利于进行医学转录组测序。因此，建议取到肿瘤样本后，立即放到RNAlater中保存，充分浸润后，-80℃保存， 干冰运输；或者样本取得后立即液氮速冻（要充分），-80℃保存，干冰运输。尽可能减少组织样本在常温空气中暴露时间，保证RNA的完整性。
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