Hi-C测序-J9九游会-三维基因组染色体构象捕获

Hi-C测序

Hi-C—前沿技术带你走进DNA的三维空间

Hi-C技术是染色体构象捕获（Chromosome conformation capture，简称为3C）的一种衍生技术，是指基于高通量进行染色体构象的捕获，它能够在全基因组范围内捕捉不同基因座位之间的高分辨率空间交互信息，研究三维空间中调控基因的DNA元件。与WGS、RNA-seq、ATAC-seq、 CUT&Tag等多组学联合分析，研究不同物种基因组空间结构（compartment、TAD、loop结构），从而揭示基因组三维结构，解析肿瘤/疾病/物种进化的发生发展机制。 全基因组范围： 全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系。 热点技术： 三维基因组信息作为更高层次的生物学问题解释系统。

技术应用

1、解析染色质三维层级结构，研究空间构象与基因转录调控的关系；
举例：乳腺癌发生与转移不同时期，A/B区室/TAD/loop环空间结构变化如何远距离调控癌症基因表达
2、揭示染色质互作模式，描绘3D重构图谱；
举例：不同近缘物种不同发育时期甚至于不同部位进化特征研究
3、染色质结构变异检测；
举例：猪在增重与减重过程中不同脂肪组织中基因组结构变异与转录调控的关系研究
4、个体单倍型研究；
举例：人类健康、动植物分子育种等SNP位点检测

J9九游会优势

1. 物种经验：
J9九游会已经成功完成对人、小鼠、大鼠、禽类、哺乳动物、鱼类、贝类、爬行类、拟南芥、水稻、玉米、大豆、棉花、小麦、油菜、花生、果树、林木、蔬菜等多种动植物实验，累计100＋物种，上千种部位。
2. 文章经验：
项目文章多发表于Nature、Cell等高分期刊，累积影响因子500+
3. 分析服务：
提供单组学与多组学联合的科研服务体系，分析条目丰富；单组学：Compartment A/B、TAD、loop层级分析、3D图谱分析、单倍型分析等；多组学：泛三维基因组、表观多组学联合、定制化分析等等。
4. 一站式服务：
专业技术团队出具多样化科研方案，实现售前-售中-售后便捷式高效服务体系。
5. 周期快、质量好、稳定性高
J9九游会基于全面的物种实验库以及优质的测序平台，实现快速、稳定的测序数据分析及交付。
- <6
  样本量
- 40D
  建库测序周期.
- NovaSeq
  X plus
  测序平台

信息分析

基于全基因组的互作信息，获得高分辨率的染色质三维结构信息，并能开发调控基因的DNA元件。

关联分析

基于多组学文章中的应用场景和经验，J9九游会搭建了内容丰富的Hi-C与RNA-seq关联分析流程，以助力科研者们发表高分文章。

Hi-C与RNA-seq关联分析	1. Compartment转换与转录组的关联
	1.1 Compartment A/B与表达变化
	1.2 Compartment A/B与差异表达基因的交集基因的GO富集分析
	1.3 Compartment A/B与差异表达基因的交集基因的KEGG富集分析
	2. 差异互作区域对应的差异表达基因表达情况
	2.1 差异互作区域对应的差异表达基因的表达水平情况
	3. 保守TAD区域对应的基因表达情况
	3.1 保守TAD的鉴定
	3.2 保守TAD的分类
	3.3 各类TAD中表达水平上调的基因的比例
	3.4 各类TAD中基因表达水平变化分布

送样建议

常见问题

拓展材料

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