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DNA指纹图谱-构建品种专属二维码

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  • 同一物种的各个品种之间存在大量的多态性标记。以DNA标记的组合所构建的“指纹”,称之为“DNA指纹图谱”。DNA分子标记种类繁多,其中SNP标记具有数目多,覆盖基因组范围广等优势,是构建DNA指纹图谱的新型优势分子标记。目前,SNP标记已经在玉米、油菜、香菇等物种指纹图谱构建中得到广泛应用。

应用方向

  • 1)从基因维度区分品种:基于核心标记对品种进行区分,相比仅依赖表型区分更加准确,同时可以获得各个品种最具代表性的位点集合。
    2)扩充图像展示内容,增加基因型展示形式:将指纹图谱和品种图片结合,带来全新的品种信息展示方式,后续可加入到数据库实现表型-基因型的联合查询、展示。
    3)为批量样本品种鉴别打下基础:可将筛选到的核心标记用于开发KASP标记和液相芯片,应用于品种内大批量样本快速鉴别或申请相关知识产权。

技术路线

  • 1)提取样本DNA,构建二代文库测序,获取全部的基因信息。
    2)将获得的原始测序数据进行质控,比对参考基因组,进行SNP检测及初步筛选,获得高质量SNP位点和注释信息。
    3)对全部样本进行初步分类,基于多态性等指标筛选核心SNP位点,统计核心位点信息,构建DNA指纹图谱并计算遗传相似性分析结果。

技术策略

  • 同一物种,涵盖尽可能多的品种,样本数≥50个,需要参考基因组。
    WGS策略:推荐测序深度10X,超大基因组物种可适当降低深度。需要参考基因组。
    GBS策略:推荐根据参考基因组大小,每个样本测10Wtags/G,超大基因组可适当降低Tag数。

拓展材料

  • 线上课程

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