10X_Genomics-J9九游会-10X 单细胞转录组RNA多组学测序

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10X 单细胞转录组

scRNA-Seq 解析单个细胞内基因表达情况

高效：
10x Genomics 单细胞转录组测序平台利用微流控和 barcode 标记等技术，捕获近十万个细胞，从而获得大量的转录组信息。该过程通量高、成本低、周期短。
准确：
在细胞分型和标记因子的鉴定上有着得天独厚的优势，为细胞类型鉴定、信号通路差异响应、分子调控网络、细胞异质性研究带来了全新的方法与便利的手段。

应用方向

1.干细胞分化以及组织器官发育研究
2.神经系统发育研究
3.免疫方向研究
4.肿瘤异质性研究
5.疾病分型以及用药指导

J9九游会优势

1. 多个驻地实验室，提供更方便的实验预约
2. 上门、寄送全方位服务模式，拥有极致周期
3. 从样本制备到个性化分析，为您提供全方位的服务

信息分析

单细胞转录组的分析核心是细胞的分群和亚群差异基因的鉴定，J9九游会单细胞使用10x官方分析软件Cell Ranger和第三方软件Seurat对细胞进行分群和差异分析，对差异基因进行功能富集，从而鉴定亚群的功能特征。

送样建议

组织类型	新鲜组织、新鲜悬液或者速冻组织
细胞大小	>5~30 μm
建议细胞活性	>80%，（尽量去除细胞团 / 碎片 / 杂质等）
细胞浓度	700~1200 cell/μL
细胞总量	>建议30 万，最低尝试量 10 万细胞

常见问题

1.为什么选择单细胞测序技术？
- 同一类型细胞中可能存在很多不同表型及基因型的细胞，单细胞扩增技术通过在单个细胞水平上对基因组进行测序，为科学家研究解析单个细胞的行为、机制、与机体的关系等提供了新方向，广泛应用于生殖细胞、胚胎干细胞、神经细胞、肿瘤细胞、免疫细胞等热点研究领域。
2. 对于单细胞的样本要求？
- 细胞数量与浓度：建议5×10⁵个，浓度为1000个/μL
  细胞活性：大于80%，建议风险建库数量为10⁵
  细胞尺径：5 μm ≤ X ≤ 30 μm。
3. 细胞捕获数？基因检出数？
- 细胞捕获数与样本活性与细胞浓度密切相关。一般建议5000细胞，更多的细胞可以少量提升基因检出数。基因检出数与样本状态有关，不同类型的样本，基因检出数存在数倍的差异。
4. 细胞数达不到10⁶是否可以做10X Genomics 单细胞转录组？
- 可以做，但是有风险。Cell counter 计数最佳细胞浓度在5×10⁵~1×10⁶细胞左右，如果细胞数过低，很有可能会存在计数不准确的情况，我们就无法较准确得到细胞浓度从而进行上样，这会影响后续实际细胞检出数目；另外，实验前需要清洗细胞2次，每次损失最少25%，而且细胞计数2次也会损失一定细胞，太少量无法进行操作。
5. 细胞活性达不到80%是否可以做10X Genomics 单细胞转录组？
- 细胞活性过低时，细胞内的 RNA 可能会发生降解，从而使得到的数据无法准确反映每个细胞样品内转录本的表达情况，影响基因检出。因此如果客户细胞数目及细胞情况实在无法满足要求，需要事先了解风险。
6. 能够在细胞捕获阶段判断出捕获的细胞数量？
- 不能。但是可以通过反转录得到的 cDNA 浓度，大体估算细胞捕获量的范围。
7. 线粒体基因过滤情况和多细胞去除方法？
- 线粒体基因比例高，通常意味着细胞活性低，这种情况下需要进行线粒体基因过滤。并不是所有项目都会进行线粒体基因过滤，视样本情况而定。大多占比大于20%或30% 的时候会进行这一步骤，有的会高达50%才进行。
  在细胞捕获量大或细胞成团的时候，多细胞比例会升高，这时需要进行多细胞去除。目前10X官方没有多细胞去除的标准。我们的标准是对于 UMI 的数量进行一个上限的设定。

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