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低深度重测序

低深度重测序

  • 全基因组低深度重测序(LcWGS)一般认为其测序深度在1X及以下,对于大基因物种降低深度后可以大幅降低测序数据量从而降低成本,但会造成覆盖度和位点检出率的降低。因此进行变异检测后, 需要对缺失基因型进行推断和基因型填充,最终获取大规模样本全基因组水平的高密度遗传标记。

基因型填充

  • 基因型填充的软件有很多,比如:Beagle、Impute2、Stitch等。其中,Beagle是MCMC算法的代表, 也是运用最为广泛基因型填充方法。Beagle在填充过程中,首先利用本地单倍型信息来捕获紧密连 锁的低密度标记,然后利用HMM模型和总共的单倍型数去计算从一个“节点”到另一个“节点”的传 递可能性,这里的“节点”代表在某一位点有相同的等位基因的单倍型聚类。
  • 对于低深度测序方法,位点准确度是相当关键的一项指标。当样本数量足够多(1000个以上)时,即使在较低的深度下通过基因型填充后也可以达到极高的准确性,大样本量低深度重测序的基因分型准确度可达99%。但当样本量较少或样本间差异较大时,为了提升填充准确性,建议使用高深度测序样本数据作为模版进行填充,提高准确性。

    低深度测序实验及分析流程

应用方向

  • 1、性状关联:大基因组物种的GWAS分析

  • 2、育种评估:大基因组物种的全基因组选择分析

测序策略

  • 低深度重测序策略:推荐样本数量1000以上,推荐测序深度1X及以上,单样本测序数据量不低于1G,可使用高深度测序数据填充。

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