基因组测序>
建库测序>
人类基因组测序>
动植物基因组测序>
微生物基因组测序>
转录调控测序>
表观组测序>
单细胞测序>
空间转录组>
基因分型>
质谱分析>
蛋白组学分析>
代谢组学分析>
免疫定量>
多组学联合分析>
分子育种>
动植物基因组测序>
有参转录组测序—解析基因表达及结构水平变化
真核有参转录组测序(RNA-seq)采用Illumina测序平台,对真核生物特定组织或细胞在某个特定状态下转录的所有mRNA进行测序,与参考基因组比对,既可全面快速分析mRNA序列和丰度信息、又可对基因结构和产生的新转录本进行分析。应用方向
生长发育
分析发育过程或生长过程时空特异性表达的基因集,描述生长图谱胁迫研究
研究胁迫环境下的机体响应机制性状差异
寻找研究对象重要性状或表型互作关系研究
通过转录水平寻找到关键调节的基因或者代谢通路,研究宿主与寄主之间相互作用关系J9九游会优势
1. 样本起始量低
RNA 0.4 μg/建库2. 周期快、质量好,稳定性高
J9九游会真核有参转录组测序基于优质的测序平台,通过reads与参考基因组比对,系统全面的对基因进行表达定量和结构分析,获得某个物种在特定条件下的转录信息,实现快速、稳定的测序数据分析及交付。≤30
样本量21天
周期PE150
读长≥85%
数据质量Q303. 方案设计专业,质控严格
J9九游会真核有参转录组测序针对不同的物种和组织部位,采用合适的提取方法;根据不同的需求可提供不同的建库方式;严格要求测序数据质量: Q20>90%,Q30>85%。从材料选取,建库测序,到数据分析,每一步都经过科学、缜密的设计,以保障高质量研究成果。材料选取
RNA样品 ≥0.4μg
文库构建(普通转录组文库/链特异性文库)
上机测序
信息分析
4. 项目文章以及物种经验丰富
J9九游会已经成功对水稻、拟南芥、番茄、花生、棉花、黄瓜、小麦、大鼠等上千个有参考基因组的物种进行了真核有参转录组测序分析,并助力研究者在Cell Stem Cell、Genome Research、Nature Communications 等权威期刊发表高水平文章多篇。80人
分析团队10年
项目经验20000+
结题项目1对1
项目服务信息分析
J9九游会真核有参转录组测序项目信息分析,经过严格数据质控保证数据分析可靠性,信息分析分为表达水平分析和结构水平分析。表达水平分析包括基因表达量分析、 相关性分析、差异基因及其富集分析、GSEA分析、WGCNA分析等,结构水平包括可变剪切分析、变异位点分析、新转录本预测。有参转录组 | 分析内容 | 解决问题 |
---|---|---|
标准分析 | 测序数据质量评估 | 过滤掉低质量数据,保证数据质量 |
与参考基因组比对 | 比对率分析 | |
基因表达水平分析 | 分析基本的表达量 | |
样本相关性分析 | 分析样本间的相关性大小 | |
差异基因分析 | 寻找不同比较组合间的差异基因 | |
GO/KEGG富集分析 | 差异基因的GO,KEGG富集分析 | |
蛋白互作网络分析 | 差异基因蛋白互作网络的分析 | |
GSEA分析 | 基因集富集分析 | |
WGCNA基因共表达网络分析 | 分析模块与样本间的相关性,寻找关键模块和hub基因 | |
可变剪切分析 | 不同样本间可变剪接事件的差异分析 | |
SNP/Indel分析 | 分析变异位点 | |
新转录本预测 | 挖掘该物种新的基因或转录本 |
送样建议
样本类型 | 送样建议 |
---|---|
新鲜植物组织干重 | 叶片、花 ≥ 0.3g; 根、茎、种子等其他组织 ≥ 0.5g |
新鲜动物组织干重 | 内脏组织、脑组织 ≥ 0.08g; 脂肪、皮肤、骨头、血管等其他组织 ≥ 0.3 |
新鲜培养细胞 | >≥5*106个 |
新采集的全血(加入 TRIzol) | >≥5mL |
新采集的全血 (液氮速冻) | >≥2mL |
PAXgene 采血管 | ≥1 管 |
石蜡切片 | 厚度在5-10μm,含组织面积大于25mm2的切片12张。 |
菌体/菌丝 |
>3*106个 >0.3g |
半固体细菌 | ≥ 0.5mL |
常见问题
1.哪些物种可以进行真核有参转录组测序?
2.真核有参转录组测序标准分析和DGE分析的关系是什么?
3.真核有参转录组测序(RNA-seq)的深度和覆盖度是多少?
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