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ATAC-seq(mini ATAC-seq)
1. 细胞类样本
1.1 贴壁细胞
样本类型 | 送样量 | 样本保存和运输 | 注意事项 |
---|---|---|---|
冻存贴壁细胞 |
常量ATAC:>50万/份 |
冻存液冻存后将冻存管置于密封袋中,液氮保存,干冰运输。 |
送样前需消化成单细胞悬液,尽量去除细胞团/碎片/杂质等。 |
新鲜贴壁细胞 |
常量ATAC:>10万/份 |
至少提前2天预约实验; |
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冻存贴壁细胞处理方法: (1)取出贴壁细胞,显微镜下观察,确定生长状态是否良好,是否有细菌污染。 (2)吸掉培养基,向细胞培养瓶/皿中加入1×PBS(根据培养器皿调整PBS用量),洗2次。 (3)弃尽PBS,加入适量胰酶放回37℃培养箱中消化,利用完全培养基终止反应。 (4)加入500μl 1×PBS洗涤,4°C,500g离心5min,小心吸掉全部上清。 (5)用冻存液(60%完全培养基+30%FBS+10%DMSO)(百分比指体积比)重悬细胞沉淀,按照建议送样量分装,移至冻存管(请提前配置细胞冻存液且置于冰上预冷,防止新配置的冻存液过热损伤细胞,待冻存液恢复室温后使用)。 (6)将冻存管置于程序降温冻存盒,于-80℃冰箱梯度降温并暂时保存(请严格按照程序降温来操作,对细胞造成的损伤最小)。24h后,请将程序降温盒中的细胞样本转移至液氮中保存。若没有程序降温冻存盒,建议使用人工传统降温方法:冻存管置于4℃ 10min→-20℃ 30min→-80℃ 16-18h(或过夜,最长放置不超过一个月)→转移至液氮长期储存。 注意:由于细胞复苏后需活细胞数大于5万,因此冻存细胞量至少超出10倍(50W左右,若针对特殊细胞则应加大细胞量)。 |
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新鲜贴壁细胞处理方法: (1)确定生长状态良好且无污染; (2)吸掉培养基,加入适量 1×PBS(体系中不可含 Mg2+和 Ca2+)洗 2 次,吸尽培养基; (3)小心吸除 PBS,加入适量胰酶,37℃培养箱中消化,消化时间和方式请根据细胞类型进行调整,以显微镜下观察细胞是否分散作为调整标准; (4)加入 5 mL 含血清的完全培养基终止消化,用吸管轻轻地吹下贴壁细胞,500×g 离心 5 min, 小心去上清; (5)加入 1×PBS 清洗一次,4℃ 500×g 离心 5 min,弃上清; (6)用 1 ml 以上的培养基/血清重悬细胞沉淀,转移至 2 ml 离心管中,用 parafilm 对离心管进行密封。 |
1.2 悬浮细胞
样本类型 | 送样量 | 样本保存和运输 |
---|---|---|
冻存悬浮细胞 |
>常量ATAC:>50万/份 微量ATAC:>1万/份 细胞复苏后活性大于80%,建议送2份,一份备份。 |
冻存液冻存后将冻存管置于密封袋中,液氮保存,干冰运输 |
新鲜悬浮细胞 |
>常量ATAC:>10万/份 微量ATAC:>5千/份 活性大于80%,建议送2份,一份备份 |
至少提前2天预约实验; 推出短途、中途、长途不同运输方案,具体送样方案联系J9九游会。 |
冻存悬浮细胞处理方法: (1)取出悬浮细胞于显微镜下观察,确定培养细胞生长状态是否良好,是否有细菌污染。 (2)收集细胞,吸掉全部上清,加入500?l 1×PBS洗涤,4°C 500g离心5min,小心弃上清。 (3)用冻存液(60%完全培养基+30%FBS+10%DMSO)(百分比指体积比)重悬细胞沉淀,分装细胞,移至冻存管(请提前配置细胞冻存液,防止新配置的冻存液过热损伤细胞,待冻存液恢复室温后使用)。 (4)将冻存管置于程序降温冻存盒,于-80℃冰箱梯度降温并暂时保存。24h后,请将程序降温盒中的细胞样本转移至液氮中保存。若没有程序降温冻存盒,建议使用人工传统降温方法:冻存管置于4℃ 10min→-20℃ 30min→-80℃ 16-18h(或过夜,最长放置不超过一个月)→转移至液氮长期储存。 注意:由于细胞复苏后需活细胞数大于5万,因此冻存细胞量至少超出10倍(50W左右,若针对特殊细胞则应加大细胞量)。 |
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新鲜悬浮细胞处理方法: (1)确定细胞生长状态良好且无污染; (2)进行细胞计数,每样本取10万/5千个细胞以上,细胞悬液 4℃ 500×g 离心 5 min,小心去上清,离心条件可根据细胞类型进行调整; (3)加入 1 mL 1×PBS 重悬细胞沉淀,清洗一次,4℃ 500×g 离心 5 min,小心弃上清; (4)用 1 ml 以上的培养基/血清重悬细胞沉淀,转移至 2 ml 离心管中,用 parafilm 对离心管进行密封。 |
2. 动物组织
样本类型 | 送样量 | 样本保存和运输 |
---|---|---|
动物组织 | 常规组织:50mg/份,备份1-2份。特殊组织类型需评估。 | 置于密封袋中,液氮速冻,干冰运输。 |
动物组织处理方法: (1)取下新鲜组织,立即剔除结缔组织和脂肪等杂质。 (2)将组织转移至新离心管中,用预冷的PBS溶液漂洗至将组织表面的残留血液冲洗干净。 (3)将冲洗干净的组织样本取出并用无尘纸擦干水分,若组织体积较大,应在冰上将组织切成小块或薄片(每份约50mg),之后置于2ml旋盖冻存管内,准备标记样本名称。 (4)迅速置于液氮中冷冻30min,然后转移至-80℃冰箱中保存。 |
3. 植物组织
样本类型 | 送样量 | 样本保存和运输 |
---|---|---|
植物组织 | 幼嫩的组织叶片300mg,种子、根等特殊组织部位500~1000mg。备份1-2份。特殊组织类型需评估。 |
置于密封袋中,液氮速冻,干冰运输。 建议选取幼嫩的叶片,种子、根等。 |
植物组织处理方法: (1)从植物体上取下新鲜组织,后用清水将材料表面的灰尘或泥土冲洗干净,吸干。 (2)如果组织体积较大,应在冰上将组织切成小块或薄片,然后放入2ml或更大体积的旋盖冻存管中,每份>300mg,准备标记样本名称。 (3)立即浸入液氮中速冻30min,之后保存于-80℃冰箱。 |
4. 其他类型样本
样本类型 | 送样量 |
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全血 | 需要分离出细胞,按细胞要求送样。 |
自建库 | 体积≥15μl;qPCR浓度大于2nmol/L。 |
5. 注意事项
(1)确保样本无外源污染,ATAC实验不对样本进行污染检测。6 样本打包及寄送建议
6.1 样本的打包
(1)核酸样品建议使用质量好的1.5ml或2ml 低吸附EP管装载样品,并用封口膜封口。为了防止样品管破裂,或者污染和混乱,请不要使用诸如PCR管、0.5ml EP管、八联管、96孔板、深孔板等非标准管送样。非标准管不利于样品保存以及后续实验的进行。如有样品使用非标准管制备,还请在送样前自行转管处理。6.2 样本的名称标识
(1)所有的样品必须具有清晰的标记,并且简洁明了。Copyright@2011-2024 All Rights Reserved 版权所有:J9九游会 京ICP备15007085号-1