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Hi-C测序
1. 细胞类样本
样本类型 | 送样量 | 样本保存和运输 | 注意事项 |
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悬浮细胞 | >2×106 /单文库,建议送备份。 | -80°C保存,干冰运输。 | 细胞送样前需自行交联固定;贴壁细胞送样前需消化成悬浮细胞固定后送样。 |
悬浮细胞处理方法: (1)取出悬浮细胞,显微镜下观察,确定生长状态是否良好,是否有细菌污染; (2)使用显微镜或荧光细胞计数仪计数,检测对数期细胞的活性和数量,建议活性>90%,细胞所需量:至少2.0×106个/单个Hi-C文库,根据构建文库数推算所需细胞量; (3)在新鲜培养的状态下进行甲醛交联,交联过程操作需要在超净工作台中进行,所需试剂:37%Formaldehyde(Sigma:F8775-4X25ML)、Glycine(Amresco:0167-1kg); 细胞固定流程: (1)细胞计数后在10ml完全培养基(80%1640,20%胎牛血清)中重悬后加入571μl 37%Formaldehyde(甲醛,终浓度2%),室温固定10min(每1-2min上清颠倒一次混匀); (2)加入894μl 2.5M Glycine(甘氨酸)溶液,轻微晃动培养瓶/皿,保证甲醛和甘氨酸充分混匀,培养基由粉红色变为亮?色,室温终止固定10min,冰上放置15min; (3)样品溶液400g,4°C离心5min,弃上清; (4)500μl PBS重悬细胞沉淀后移至1.5ml离心管中;400g,4°C离心5min,弃上清;再加入500μl PBS重悬细胞沉淀,400g,4°C离心5min,弃上清,使用封口膜密封离心管口,放在-80°C保存。 附:2.5M Glycine配制方法 |
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注意事项: (1)冻存细胞需经复苏或一段时间细胞培养后再进行细胞交联,公司不提供细胞复苏或培养; (2)为避免实验操作而引起细胞损失,建议使用低吸附离心管和移液器枪头。 |
2. 动物组织
样本类型 | 送样量 | 样本保存和运输 |
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动物组织 |
常规组织:500mg/份 备份1-2份 特殊组织类型需评估 |
置于密封袋中,液氮速冻,干冰运输。 |
动物组织处理方法: (1)取新鲜的动物组织,迅速用预冷的 0.9%生理盐水漂洗将组织表面残留的血液冲洗干 净,并剔除结缔组织和脂肪组织等非研究组织; (2)若组织体积较大,尽量将样品在冰上分割 500mg 左右的组织块,防止样品降解; (3)将处理好的组织样本保存于冻存管中,盖好螺旋盖,封口膜封口,准确标记,放入 液氮中速冻 10min;液氮速冻之后,转至-80°C 保存,干冰运输。 注意:不建议将样品直接保存于密封袋或不带螺纹旋盖的 EP 管中:密封袋经过液氮速 冻后变脆易破裂,易导致样品交叉污染;不带螺纹旋盖的 EP 管容易渗入液氮,导致管 内体积膨胀爆管。 |
3. 植物组织
样本类型 | 送样量 | 样本保存和运输 |
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植物组织 |
幼嫩组织(叶片等):1g 常规冻存组织:3g 备份1-2份 特殊组织类型需评估 |
置于密封袋中,液氮速冻,干冰运输。 建议选取幼嫩的叶片。 |
植物组织处理方法: (1)从植物体上取下新鲜组织,用灭菌水将材料表面的灰尘或泥土冲洗干净,吸干; (2)如果组织体积较大,应在冰上将组织剪切成 5 cmX2 cm 左右小块或薄片,然后放 入50 ml带有螺旋盖的冻存管或锡箔纸中,准备标记样本名称; (3)立即浸入液氮中速冻10 min,之后保存于-80℃冰箱; 注意:植物多含有次生代谢物或多糖多酚,存在较高失败率,因此一定要选取幼嫩叶片。 |
4. 其他类型样本
样本类型 | 送样量 | |
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全血 | 需要分离出细胞,按细胞要求送样。 | |
直接送全血样本量:分哺乳动物和非哺乳动物,哺乳动物 1 个库最少 1ml,非哺乳动物 1 个库最少500ul,建议送备份样本。送样建议:取血液于紫色 EDTA 抗凝管中,用抗凝管取血后,画 8 字,轻柔摇晃 6 次,充分混匀,液氮速冻,速冻时可以放到 50ml 管里以免抗凝管冻裂,干冰送样即可。 |
5. 注意事项
(1)Hi-C建库测序、Hi-C3D图谱、互作图谱、单体型图谱必须有参考基因组。其中Hi-C3D图谱以染色体水平基因组分析效果最佳;其他有初版参考基因组即可,或以近源物种基因组作为参考。6. 样本打包及寄送建议
6.1 样本的打包
(1)核酸样品建议使用质量好的1.5ml或2ml 低吸附EP管装载样品,并用封口膜封口。为了防止样品管破裂,或者污染和混乱,请不要使用诸如PCR管、0.5ml EP管、八联管、96孔板、深孔板等非标准管送样。非标准管不利于样品保存以及后续实验的进行。如有样品使用非标准管制备,还请在送样前自行转管处理。6.2 样本的名称标识
(1)所有的样品必须具有清晰的标记,并且简洁明了。Copyright@2011-2024 All Rights Reserved 版权所有:J9九游会 京ICP备15007085号-1