癌症多组学-项目案例-J9九游会

J9九游会

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癌症多组学

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项目案例

合作文章基因组+转录组+表观基因组

A genomic and epigenomic atlas of prostate cancer in Asian populations^[6]

发表期刊：Nature
IF: 43.07
发表时间：2020年3月

海军军医大学长海医院泌尿科孙颖浩研究团队与J9九游会合作展开了迄今为止最大规模的中国前列腺癌队列研究，提供了第一个中国前列腺癌基因组和表观基因组全景图谱（CPGEA）。文章选用 208 例中国前列腺癌患者，进行 WGS、WGBS、 RNA-seq 及 miRNA-seq 数据分析，描述了第一个中国前列腺癌基因组和表观基因组图谱，同时在不同层面比较中西方不同队列人群（2554 例西方人群患者）中突变的差异，揭示出中国人群中 FOXA1 基因突变的频率和独特的突变模式进一步强调了研究个体突变的致癌机制以及易感因素的必要性。

图1 前列腺癌基因组与表观基因组全景图

项目文章基因组+转录组+蛋白质组+磷酸化蛋白质组

Proteomics identifies therapeutic targets of early-stage hepatocellular carcinoma^[1]

发表期刊：Nature
IF: 43.07
发表时间：2019年2月

国家蛋白质科学中心（北京）贺福初院士团队、钱小红教授团队联合复旦大学附属中山医院樊嘉院士团队，利用多组学数据对早期肝细胞癌（HCC）进行研究。文章采集 110 个与 HBV 感染相关的临床早期 HCC 患者的癌与癌旁成对组织样本，进行基因组、转录组测序，蛋白质组和磷酸化蛋白质组检测。该队列根据蛋白表达水平分为三种亚型：S-I、S-II 和 S-III，并表征每种亚型的不同临床结果。其中 S-III 型术后复发高，生存率低，其胆固醇稳态受损与 SOAT1 密切相关。因此后续功能试验发现 SOAT1 低表达能有效抑制肝癌细胞的增殖和迁移。该文章首次描绘早期肝细胞癌的蛋白质组表达谱和磷酸化蛋白质组图谱，并结合多组学数据进行蛋白质组的分子分型，为发现新的治疗靶点，进行精准有效治疗提供重大的临床指导意义。J9九游会致源为该研究提供建库测序服务。

图2 肝癌蛋白质组分子分型

合作文章 基因组+转录组+表观基因组

项目文章 基因组+转录组+蛋白质组+磷酸化蛋白质组

合作文章基因组+转录组+表观基因组

项目文章基因组+转录组+蛋白质组+磷酸化蛋白质组