基因组测序>
建库测序>
人类基因组测序>
动植物基因组测序>
微生物基因组测序>
转录调控测序>
表观组测序>
单细胞测序>
空间转录组>
基因分型>
质谱分析>
蛋白组学分析>
代谢组学分析>
免疫定量>
多组学联合分析>
分子育种>
动植物基因组测序>
Clean长度统计
由于核糖体保护的 RNA 片段(RPF)的长度在 28nt 左右 (26-32nt)富集,统计片段分部可以评估实验富集的效果。对 各样品的 Ribo-seq 的 clean data 进行长度统计。定量与差异分析
计算各样本所有基因的表达值 (RPKM) 后,通过盒形图、小提琴图、密度分布图展示不同样本基因表达水平的分布情况。根 据项目情况,设置差异基因筛选阈值,展示每个比较组合的差 异基因(包括上调和下调)热图、聚类分析及功能富集结果。TE分析
结合转录组数据计算 TE,在 TE 层面进行定量和差异分析,以 及 GO、KEGG 功能富集分析。P-site分析
翻译过程中,核糖体相对于 RNA 以密码子长度(3 nt)为单位移动。因此,以 P - 位点为基准,来源于正常翻译过程的 RPF 片段应该在 RNA 上呈现 3 碱基的周期性分布。这是判断一个 RNA 是否被翻译的直接证据ORF分类和uORF序列分析
在植物或者动物体内,uORF可能起着相似的翻译调节机制:与下游的mORF竞争翻译起始复合物或影响mORF的复苏。根据uORF的翻译潜能性, 可以将uORF分translated和untranslated的uORF。一般而言Translated uORF具有调节基因翻译效率的活性。Copyright@2011-2024 All Rights Reserved 版权所有:J9九游会 京ICP备15007085号-1