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表观组测序

RNA甲基化(MeRIP-seq)

案例一去甲基化酶ALKBH5通过PKMYT1 m6A修饰抑制胃癌侵袭

期刊以及IF: Molecular Cancer;41.44
合作单位:陆军军医大学
研究材料:GC/邻近正常组织
测序产品:Merip-seq、转录组、RIP-seq
关注重点:ALKBH5去甲基化酶、PKMYT1下游靶标
研究意义:构建ALKBH5-PKMYT1-IGF2BP3调控系统,提供GC转移治疗新靶点

一、研究思路

二、研究结论

  • 2.1 MeRIP-seq:m6A修饰的基因与GC细胞粘附有很强的相关性

    m6A信号主要出现在mRNA转录本的终止密码子和3'UTR附近(Peak在mRNA转录本功能区域上的分布)
    m6A修饰集中在GGACU基序上 (Motif分析)
    大多数在GC组织中表现出较高水平的m6A修饰 (差异分析)
    GO分析表明这些基因主要富集在细胞-细胞粘附和上皮细胞迁移中 (功能富集分析) 基因的mRNA水平也明显高于邻近正常组织 (MeRIP-seq与mRNA关联分析)
  • 2.2 关键RNA甲基化酶确定- ALKBH5

    TCGA数据库+GEO数据库定位与GC迁移相关的RNA甲基化酶以及蛋白表达量;
    结合mRNA数据;定位关键去甲基化转移酶ALKBH5;

  • 2.3 ALKBH5下游靶基因确定- PKMYT1

    MeRIP-seq+RNA-seq结果,根据已发表文献确定于GC侵袭与转移相关的靶基因PKMYT1;
    MeRIP-qRT-PCR和mRNA水平验证ALKBH5过表达或被干扰时,只有PKMYT1表现出稳定的改变;
    RIP和RNA下拉实验验证ALKBH5与PKMYT1是可以结合的;

案例二 YTHDF1依赖m6A调控转录本翻译激活肠道免疫应答

期刊以及IF: Nucleic Acids Res;16.97
合作单位:浙江大学动科学院汪以真团队
研究材料:猪肠上皮细胞系IPEC-J2、Ythdf1、Ddx60基因敲低细胞系,人肠上皮细胞系Caco-2
样本处理:产肠毒素大肠杆菌K88 (ETEC) 感染、LPS刺激
测序产品:Merip-seq、Ribo-seq、RNA-seq
结论:甲基化阅读蛋白——YTHDF1以m6A依赖的方式调节靶基因Traf6转录本的翻译效率,进而激活NF-κB信号通路,达到调控肠道上皮细胞免疫应答反应的机制

一、研究思路

二、研究结论

  • 2.1 YTHDF1依赖m6A调控转录本翻译激活肠道免疫应答

    Merip-seq:感染后肠上皮细胞m6A修饰水平显著升高。
    Ribo-seq:敲除YTHDF1后的感染细胞翻译效率降低,主要集中Traf6转录本,且存在m6A修饰。
  • 总结【RNA甲基化研究思路】

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