单细胞Flex、微生物单细胞

J9九游会

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单细胞技术拓展（FLex、微生物）

单细胞Flex结果展示

1.样本tSNE/UMAP分型分析
- 聚类分析用于识别细胞亚型，根据聚类结果，采用t-SNE/UMAP降维算法，在二维空间上展示细胞的分布情况，同一cluster的细胞用相同颜色表示。
2.差异基因展示
- 挑选每个cluster高表达基因观察其在不同cluster中的表达情况，绘制小提琴图
- 挑选每个cluster的高表达基因进行特异标注，可获得每个差异基因在各cluster中的表达情况。
- 将各个cluster鉴定到的top差异基因进行整体热图展示，同一个cluster内的差异基因表达量会高于其他组，热图中黄色表示高表达，紫色表示低表达。
3.功能富集分析
- GO(Gene Ontology)是描述基因功能的综合性数据库，可分为分子功能（Molecular Function），生物过程（biological process）和细胞组成（cellular component）三个部分。从GO富集分析结果中，选取最显著的Term绘制柱状图/散点图进行展示。
- KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)是整合了基因组、化学和系统功能信息的综合性数据库。从KEGG富集结果中，选取最显著的通路绘制柱状图/散点图进行展示。
- Reactome数据库汇集了人类各项反应及生物学通路。从Reactome富集分析结果中，选取最显著的Term绘制柱状图/散点图进行展示。
4.辅助细胞定义
- 基于marker gene应用J9九游会自主开发novoalgor进行自动化的细胞定义，交付marker基因的UMAP图、小提琴图。
5.细胞通讯分析
- 采用cellphoneDB进行细胞通讯分析，可以推断不种细胞类型之间丰富的配体-受体相互作用。
6.轨迹推断
- 采用monocle2进行细胞轨迹推断分析，基于关键基因的表达模式，在拟时间中对单个细胞进行排序，模拟出细胞随拟时间发展发育过程的动态变化。将CytoTRACE和monocole2联合，自动通过CytoTRACE确定根节点，并将根节点参数传入monocole2进行分析。
7.SCENIC转录因子分析
- 采用pySCENIC可以推断不同细胞特有的调节子，并评估调节子在单个细胞中的活性，根据调节子的AUCell进行推断细胞状态；计算不同cluster的调节子特异性得分(RSS)，找到cluster特异的调节子。

微生物单细胞结果展示

1.数据质量展示
2.降维聚类细胞分群
- 根据每个细胞中的基因表达差异以二维UMAP图呈现，每个点代表一个细胞，距离相近的细胞基因表达相似，距离较远的细胞基因表达差异较大。根据细胞间的基因表达相似程度，将目标细胞群分为多个cluster，根据每个cluster的基因表达特点，可以对其进行注释命名。
3.差异基因展示
- 各个cluster间的基因表达差异有通过多种展现方式，下图为差异基因聚类热图的展现方式，对应横坐标为不同cluster，纵坐标为基因名称，颜色深浅代表表达量差异。
4.功能富集分析（GO）
- GO(Gene Ontology)是描述基因功能的综合性数据库，可分为分子功能（Molecular Function），生物过程（biological process）和细胞组成（cellular component）三个部分。GO富集以padj小于0.05为显著富集，从GO富集分析结果中，选取最显著的30个Term绘制散点图进行如下展示