细菌基因组de novo测序（二代/三代）-结果展示-J9九游会

细菌基因组测序(二代)

质量控制

1. 组装前质控
三代测序最基本的优势特征，是其三代测序最基本的优势特征，是其足够长的测序读长，长读长是保证三代测序组装质量的基础的测序读长，因此足够长的测序读长，是保证三代测序组装质量的基础。平均10K以上的测序读长，可以解决绝大部分重复序列，保证了细菌基因组完成图的质量。
2、组装后质控
基因组覆盖的均匀性，也是组装质量的重要指标，测序覆盖越均匀，每个单碱基的重复次数越好，最终结果的准确性也就越高。以三代测序为例，全基因组范围测序数据覆盖是较为均匀的（见下图）。

基因组结构注释

基因组结构注释的结果，通过一系列软件算法，解密基因组结构信息，如编码基因（ORF）、非编码RNA、重复序列、基因岛等基因组基本结构，都是通过基因组结构注释获得的。特别是编码基因的预测，得到了基因组中功能基因编码信息，是后续基因功能注释和致病性研究的基础。

基因功能注释

通过一系列基本功能数据库的注释，
可获得编码基因在不同数据库中的同源信息，以解释编码基因在细菌生理中的功能。
以KEGG、GO、COG为例，可以在将基因的功能归属到丰富的功能分类中去。

基因组结构总览（限精细图/完成图）

用于展示全基因组范围的基因分布、KEGG、GO、COG等基本基因功能分布、ncRNA分布、
基因组GC含量及GC-skew值分布，可以提供基因组整体信息的总览和概括。

全基因组修饰图（仅完成图提供）

使用PacBio三代测序的数据中，可以根据碱基读取的脉冲信息获得基因组上的碱基修饰信息。
我们的三代完成图可以对这些信息进行收集整理，获得全基因组甲基化修饰情况。

一对一比较基因组研究

通过软件比对分析，可以解析目标基因组和参考基因组之间的共线性关系，并进而检测基因组间的变异。

基因组进化分析

基于多个基因组间的单拷贝基因信息，可以构建菌株间的系统进化树，用于解析菌株之间的进化关系。