基因组测序>
建库测序>
人类基因组测序>
动植物基因组测序>
微生物基因组测序>
转录调控测序>
表观组测序>
单细胞测序>
空间转录组>
基因分型>
质谱分析>
蛋白组学分析>
代谢组学分析>
免疫定量>
多组学联合分析>
分子育种>
基因合成>
群体SNP检测及注释
SNP(单核苷酸多态性)主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性,包括单个碱基的转换、颠换等。我们采用GATK软件进行样本SNP的检测及过滤,采用ANNOVAR软件对SNP检测结果进行注释。 SNP检测及注释结果统计Category | Sub Group... | |
Upstream | 203,062 | |
Exonic | Stop gain | 2,142 |
Stop loss | 564 | |
Synonymous | 247,194 | |
Non-synonymous | 167,809 | |
Intronic | 321,306 | |
Splicing | 1,471 | |
Downstream | 189,867 | |
upstream/downstream | 51,199 | |
Intergenc | 986,703 | |
ts | 1,256,052 | |
tv | 915,265 | |
ts/tv | 1.372 | |
Total | 2,171,317 |
SNP标记开发
1. 亲本间差异SNP分布
基于对2个亲本检测的SNP,对其进行比较,查找2个亲本间差异的SNP;差异SNP在全基因组及外显子区域的分布如下图所示。2. 亲本间标记开发
基于亲本基因型检测结果,进行亲本间多态性标记开发。过滤掉亲本信息缺失的位点;根据作图群体类型,筛选符合群体类型的多态性的位点。3. 子代基因分型
完成亲本间标记开发后,提取所有子代在亲本多态性标记位点的基因型。部分子代在个别标记位点的基因分型结果如下表。Chr | Position | Ref | P1 | P2 | R001 | R002 | R003 | R004 | R005 |
chr1 | 231,569 | C | TT | CC | CC | CC | CC | CT | TT |
chr1 | 251,190 | C | GG | CC | CC | CC | CC | CC | GG |
chr1 | 251,280 | C | TT | CC | CC | -- | CC | -- | -- |
chr1 | 255,797 | A | TT | AA | AA | AA | AA | AA | TT |
chr1 | 256,357 | C | TT | CC | -- | -- | CC | -- | -- |
遗传标记筛选
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遗传图谱构建
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