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分子育种

SNP变异检测

  • 通过二代重测序技术对样本全基因组范围进行测序,通过和参考基因组比对和变异检测获取分布于全基因组的SNP标记,并统计SNP密度。

群体遗传结构分析

  • 根据不同品种/群体间的遗传差异构建系统进化树并进行PCA分析,对样本进行聚类,揭示不同群体间的遗传背景相似度、及基因交流情况。

群体遗传多样性分析

  • 通过分析群体的杂合度(Ho、He)、核苷酸多样性(π)、近交系数(Fis、Fit)及连续同源区(ROH)等指标,判断群体近交程度、杂合度和分化程度,可以评价保种群体状态,梳理样本亲缘关系,指导保种工作,也可对核心种质群体的遗传背景进行评估。

核心种质分析

  • 核心种质是种质资源的的一个核心子集,以最少数量的遗传资源最大限度地代表原有样本的表型、地理来源、遗传多样性等,一般选择10%样品组成。使用Corehunter软件EN算法计算MR(Modified Roger's distance)参数,可结合遗传多样性、地理来源和表型数据进行核心种质的筛选。分别对原群体和筛选后核心群体进行遗传多样性分析,比较杂合度、近交系数等指标对核心种质合集进行评估。

亲缘关系分析

  • 亲缘关系系数(IBS)指群体中两个个体间拥有共同祖先同源基因的概率。把上下代个体间和同世代个体间的亲缘关系称为亲缘相关或血缘相关。系数越高说明两个个体间的亲缘关系越近。基于IBS分析结果可制作如下的样本间亲缘关系热图:

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